Men in Black, ou MiB, est une organisation ultra-secrète créée afin de réguler la présence sur Terre des extraterrestres. Grâce à leur technologie avancée, ils sont virtuellement inexistants, effaçant la mémoire des témoins gênants.

L'agent K, après avoir retiré un agent de l'organisation qui était devenu trop vieux, se cherche un nouveau partenaire, qu'il trouve au sein de la police de New York.

Pendant ce temps une « bestiole » (« bug » dans la version américaine), sorte de cafard géant, cherche à s'emparer d'une galaxie gardée par le prince arquilien, résidant sur Terre.

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